Sinüzit ameliyatı ilaç tedavisiyle bir sonuç alınamayan ya da komplikasyon gelişmiş sinüzitlerde yapılır. Endoskopik sinüs cerrahisi eski yöntemlere göre çok daha konforlu ve sonuç veren bir cerrahi girişimdir. Bu nedenle fonksiyonel endoskopik sinüs cerrahisi adını almıştır. Ameliyat öncesi mutlaka sinüs tomografisi çektirilir. Genel anestezi altında hastalığın yaygınlığına göre yaklaşık 1-1,5 saat süren bir işlemdir. Doğuştan gelen anatomik bozukluklar da bu cerrahi sırasında düzeltilebilir. Ameliyatın felsefesi sinüslerin buruna açılan kanallarını çalışır bir duruma getirmektir, bu nedenle kanalları genişletilmesi yeterli olur. Ameliyat sonunda ek işlem yapılmadıysa buruna herhangi bir tampon koymak gerekmez, birkaç saatliğine gevşek bir pamuk konabilir. Ek işlemden kasıt sinüzite zemin hazırlayan burun kemiği eğriliği(septum deviasyonu), burunda et şişmesi (konka), burunda polip gelişmesi gibi etkenlerin temizlenmesi ya da düzeltilmesi olabilir. Uygun vakalarda balon sinüs (balon sinoplasti) teknolojisi kullanılabilir. Bu işlemda kanalların genişletilmesi işlemi parça çıkarılarak değil balonun şişirilerek  kanalın genişletilmesi şeklinde yapılır. Çocuklarda sinüsler tam gelişmemiş olduğundan direkt sinüse bir müdahale tercih edilmez. Sınırlı (minimal invaziv) cerrahi uygulanır. Geniz etinin alınması çoğu kez sinüziti de tedavi eder.